مصرف پروبیوتیک ها در هر شرایطی مفید است اما اثرات مثبت آن در موارد زیر وضوح بیشتری دارد: پیشگیری و یا کاهش طول دوره و شدت انواع اسهال شامل اسهال ناشی از مصرف آنتی بیوتیک، اسهال ناشی از کلستریدیوم دیفیسل، اسهال مسافرتی و اسهال ناشی از روتاویروس بهبود علائم سندروم روده تحریک پذیر (IBS) مانند کاهش دردهای شکمی، نفخ، یبوست، دفعات اجابت مزاج و بهبود قوام مدفوع کاهش علائم بیماریهای التهابی روده (IBD) مانند کولیت اولسراتیو، جلوگیری از عود بیماری و کمک به درمان التهاب مزمن رکتوم مصنوعی (Chronic Pouchitis) افزایش سنتز اسید فولیک و ویتامین های B6، B3، B2 و B12 بهبود هضم و جذب مواد مغذی مانند پروتئین ها و چربی ها بهبود بیماریهای قلبی- عروقی شامل بالا بودن کلسترول خون و پرفشاری خون. پروبیوتیک ها و پری بیوتیک ها می توانند فشار خون، کلسترول تام، LDL و تری گلیسیرید را کاهش و HDL را افزایش دهند کمک به هضم لاکتوز (قند شیر) و تامین کلسیم در افراد مبتلا به عارضه عدم تحمل لاکتوز پیشگیری و کنترل افزایش قند خون در افراد مبتلا به دیابت (کمک به کاهش قند خون ناشتا و کاهش مقاومت به انسولین) کمک به کاهش آنزیم های آمینوترانسفراز کبدی، کلسترول تام و مقاومت به انسولین در بیماران مبتلا به کبد چرب غیرالکلی کمک به کنترل سلیاک با هضم پلی پپتیدهای گلوتن و اعمال اثر محافظتی روی سلول های اپیتلیال